W 1815 roku na kongresie w Wiedniu ustalono nowy porządek Europy. Carowi poddano część ziem polskich, nazwanych Królestwem Kongresowym lub Królestwem Polskim. W roku 1818 Stolica Apostolska ustaliła nowe granice w Królestwie Polskim. 30 czerwca 1818 roku papież Pius VII bullą Ex imposita Nobis erygował Diecezję Augustowską czyli Sejneńską, której terytorium pokrywało województwo augustowskie, a biskup rezydował w Sejnach. Nowa diecezja posiadała 120 parafii i około 37 tysięcy wiernych. Dekanaty: Augustów, Kalwaria, Łomża, Łoździeje, Mariampol, Olwita, Sapieżyszki, Sejny, Tykocin, Wąsosz, Wizna i Wysokie Mazowieckie. Katedrę stanowił kościół podominikański w Sejnach. Pierwsi biskupi diecezji: Jan Klemens Gołaszewski, Mikołaj Jan Manugiewicz i Stanisław Henryk Choromański bp sufragan – zarządzali diecezją korespondencyjnie, przez konsystorz.
Bp Ignacy Stanisław Czyżewski był drugim mianowanym biskupem, rezydował w Warszawie, ale czynił usilne starania o ustanowienie katedry i siedziby biskupiej w Sejnach; uzyskał znaczną dotację rządową, dzięki której wyremontowano zniszczony kościół podominikański, zwłaszcza po burzy w 1818 roku, który zamknięto na 3 lata.
Mianowany w 1837 roku biskup Paweł Straszyński, który wcześniej zarządzał diecezją warszawską, zamieszkał na stałe w Sejnach. Wizytował wszystkie parafie, ujednolicił porządek nabożeństw w diecezji. Zmarł 21 czerwca 1847 roku, pochowany w krypcie kaplicy Serca Jezusowego Katedry Sejneńskiej.
Biskup Konstanty Ireneusz Łubieński pochodził z warszawskiej rodziny hrabiowskiej. 16 marca 1863 roku prekonizowany przez papieża Piusa IX. Konsekrację biskupią przyjął 20 grudnia 1863 roku.
Był dobrym gospodarzem diecezji. Zatroszczył się o statuę figury Matki Boskiej Sejneńskiej i osobiście nadzorował prace renowacyjne.
Z jego inicjatywy podjęto prace przy budowie pałacu biskupiego. Biskup Łubieński nie godził się z próbami ograniczenia władzy papieża w Polsce, czynionymi przez rząd rosyjski, 31 maja 1869 roku został aresztowany i wywieziony na Syberię. Zmarł podczas drogi na zesłanie 16 czerwca 1869 roku, pochowany w Niżnym Nowogrodzie.
W październiku 1872 roku diecezję objął biskup Piotr Lubicz Wierzbowski, były proboszcz suwalski. Zadbał o podniesienie kultu i czci figury Matki Boskiej Sejneńskiej, wybudował własnym kosztem kaplicę ( przy północnej ścianie katedry), w której ołtarz zdobi cudowna figura. Najdłużej pełnił obowiązki ordynatora diecezji w Sejnach, ponad 20 lat. Zmarł 1 lipca 1893 roku. Pochowany w krypcie pod posadzką kaplicy Matki Boskiej Sejneńskiej. Epitafium biskupa z marmuru kararyjskiego znajduje się na lewej ścianie kaplicy przy ołtarzu.
W grudniu 1897 roku do Sejn przybył mianowany bp Antoni Baranowski, dotychczasowy sufragan żmudzki. Był człowiekiem głęboko wykształconym, tłumaczył Pismo Święte na język litewski, utalentowany muzyk i poeta. Zmarł dnia 26 listopada 1902 roku. Pochowany w krypcie pod posadzką kaplicy Matki Boskiej w Sejnach. Na prawej ścianie kaplicy znajdują się dwie tablice epitafijne.
Ostatnim biskupem w diecezji od 26 czerwca 1910 roku był bp Antoni Karaś, dotychczasowy sufragan kowieński. Kierował diecezją do 1925 roku, to jest do uformowania nowej diecezji z siedzibą w Łomży. Sześciokrotnie w latach, w których nie było mianowanego biskupa, diecezją zarządzali Księża Administratorzy.
Kapituła katedralna została utworzona przez bpa Polikarpa Augustyna Marciejewskiego, uroczysta instalacja czterech prałatów i ośmiu kanoników nastąpiła 8 grudnia 1822 roku. Prałaci i kanonicy przebywali głównie w parafiach, w Sejnach mieszkali profesorowie seminarium duchownego i pracownicy konsystorza.
Konsystorz biskupi
Na czele konsystorza stał oficjał, który jednocześnie był proboszczem. Konsystorz prowadził sprawy administracyjne diecezji. Na początku w diecezji były dwa konsystorze: polski i litewski. W 1837 biskup Paweł Straszyński połączył je i utworzył jeden konsystorz dla całej diecezji.
Seminarium Duchowne
W 1826 roku założył biskup Mikołaj Jan Manugiewicz. Seminarium zajmowało klasztor podominikański. Początkowo było kilkunastu kleryków, w dalszych latach średnio 20 – 30 alumnów. Po dołączeniu alumnów z seminarium w Tykocinie, liczba alumnów wzrosła i wahała się od 60 do 90. Pracę seminarium przerwała I wojna światowa. W roku 1915 z uwagi na bezpieczeństwo, przeniesiono seminarium do Mohylewa, jednak tam nie było warunków nauki, więc po kilku tygodniach skierowano wszystkich do Petersburga. W połowie października tego roku najstarsi alumni przyjęli święcenia kapłańskie.
Muzeum Diecezji Sejneńskiej
Powstało w 2008 roku. W obiekcie poklasztornym, na piętrze odnowiono salę, w której zgromadzono i wyeksponowano zabytkowe przedmioty sztuki sakralnej: naczynia liturgiczne, ornaty, monstrancje, obrazy, rzeźby oraz 2 feretrony. Opiekę nad muzeum sprawuje Sejneńskie Towarzystwo Opieki nad Zabytkami.
W 1925 roku na postawie Konkordatu zawartego między Stolicą Apostolską, a odrodzoną Polską, nastąpił nowy podział administracji kościelnej. Dekanat sejneński znalazł się w diecezji łomżyńskiej. Kościół uzyskał tytuł kolegiaty, ustanowiono pierwszą kapitułę kolegiacką.
Eugeniusz Klimaniec
